Prvobitno su zamišljeni kao dio alhemije ili proto-nauke (prednauke), koja je kasnije evoluirala u hemiju. Sve do 18. stoljeća navedeni simboli su korišteni za označavanje određenih elemenata i spojeva. Simboli su se neznatno razlikovali u oznakama alhemičara, tako da su oni koje poznajemo do danas rezultat standardizacije ovih oznaka.
Prema Paracelzusu, ovi znakovi su poznati kao prva tri:
sol - koja označava bazu tvari - označena u obliku kruga s jasno označenim horizontalnim promjerom,
živa, što znači tečna veza između visokog i niskog, je krug sa polukrugom na vrhu i krstom na dnu,
sumpor - duh života - trougao spojen krstom.
Slijede simboli za elemente zemlje, svi u obliku trokuta:
Metali označeni simbolima planeta i nebeskih tijela:
Alhemijski simboli takođe uključuju:
Ouroboros je zmija koja jede svoj rep; u alhemiji simbolizira metabolički proces koji se neprestano obnavlja; to je blizanac kamena filozofa.
Heptagram - označava sedam planeta poznatih alhemičarima u antici; njihovi simboli su prikazani iznad.